國內已經連續73天沒有本土個案，疫情相對穩定，卻端午連假前夕疫情突然出現變化，指揮中心在下午緊急再召開記者會，宣佈一名曾短期停留台灣的日本籍女學生，在返回日本時被驗出新冠肺炎確診，懷疑是在台灣遭到感染。
據ETtoday新聞雲報道，23日接獲日本官方緊急通知，有一名自台灣返日的新冠肺炎無症狀感染者。經聯繫確認，該案是日本籍20多歲女性， 今年2月入境台灣，在南部讀書，期間也多在南部活動，但直到上周學期結束、6月20日搭機返日，才在成田機場檢出陽性反應，為無症狀感染者。

陳時中表示，該名日本女生採檢報告雖為陽性，但尚未收到完整答覆，因此暫不列序號，目前已框列140名可能接觸者，將持續進行相關疫調，指揮中心也會提高警覺。發言人莊人祥則補充，將持續與日方聯繫，瞭解是否有偽陽性的可能。

原先指揮中心下午2點開記者會，宣佈24日沒有新增確診個案。不過，這份喜悅未能沉浸太久，指揮中心傍晚5點緊急召開第二次記者會，公佈日本出現一例無症狀個案，感染源可能在台灣。

如今端午連假將至，陳時中表示，不鼓勵民眾去人多的地方，但也不會要求哪裡都不能去，有鑑於先前幾波人潮流動，都未引發新的危險，暫不會透過1968 App對旅遊熱點發送細胞簡訊，因此先把App下架。